| 2004年 |
- 中小企業総合事業団（信用保険部門を除く）、地域振興整備公団（地方都市開発整備等業務を除く）、産業基盤整備基金（省エネ・リサイクル分を除く）の業務を統合し、独立行政法人中小企業基盤整備機構を発足
- 全国9支部（北海道、東北、関東、北陸、中部、近畿、中国、四国、九州）、大学校9校（旭川、仙台、三条、東京、瀬戸、関西、広島、直方、人吉）を設置
- 新潟県中越地震震災支援本部を設置（～2008年）
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| 2005年 |
- 沖縄事務所を設置
- 経営支援情報センター（現・企画部調査課）を設置（～2015年）
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| 2006年 |
- 南九州事務所を設置
- 情報システム基盤センターを設置
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| 2007年 |
- ファンド事業部を設置
- 平成19年新潟県中越沖地震災害支援本部を設置（～2011年）
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| 2008年 |
- 岩手・宮城内陸地震災害支援本部を設置（～2009年）
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| 2010年 |
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| 2011年 |
- 仙台・盛岡・福島に現地支援拠点（中小企業復興支援センター盛岡、中小企業復興支援センター仙台、中小企業震災復興・原子力災害対策経営支援センター福島）を設置
- 震災緊急復興事業推進部（現・震災復興支援部）を設置
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| 2012年 |
- 地域本部制を導入し、全国9地域本部（北海道、東北、関東、北陸、中部、近畿、中国、四国、九州）とする
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| 2013年 |
- 事業部門を名称変更及び再編し、震災復興支援部、経営支援部、販路支援部、高度化事業部、共済事業推進部、国際交流センター、事業再生支援センターを設置
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| 2014年 |
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| 2016年 |
- 熊本に現地支援拠点（中小企業復興支援センター熊本）を設置
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| 2018年 |
- 情報システム推進センターを設置
- 人材支援部を設置し、その中に中小企業大学校web校を設置
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